Чтобы скопировать инсталляцию и базы 1С (а также другие файлы) на сервер нужно:
В стандартной конфигурации сервера мы обеспечиваем доступ по RDP. Для копирования файлов можно использовать "подключение к удаленному рабочему столу" - Ctrl+C / Ctrl+V (у себя скопировали, перешли в окно удаленного рабочего стола - там вставили).
Помимо этого, возможно открыть доступ к серверу по другим сетевым портам, например, доступ к сайту на сервере (веб-доступ к 1С). Для этого Вам просто нужно обратиться к нам.